Proyecto de investigación:
Estudio genómico comparativo de aislados clínicos de helicobacter Pylori como una herramienta para la identificación de variaciones genéticas asociadas a diferentes desordenes gastrointestinales.

Nombre del investigador responsable:
Urtiz Estrada Norma
Nombre del cuerpo académico:
Biología molecular y celular aplicada a las enfermedades.
Investigadores participantes
Ramírez Valles Eda Guadalupe
Urtiz Estrada Norma

Saucedo Mendiola María Leticia
Ruiz Baca Estela
Anguiano Vega Gerardo Alfonso
Barraza Salas Marcelo

López Rodríguez Angélica María
Área de conocimiento:
Ciencias naturales y exactas.
Ciencias de la salud.
Disciplina:
Biología molecular
Fecha en que inicia el proyecto:
1 de agosto, 2016
Tipo de financiamiento con que se realiza el proyecto:
Externo (otorgado por alguna institución distinta a la UJED).
Fuente de financiamiento:
PRODEP
Nombre de la convocatoria mediante la cual se obtuvo el apoyo (nombre, tipo y año).
Apoyo a la incorporación de nuevos Profesores de Tiempo Completo 2016.

Información del protocolo

Protocolo

En el ámbito de la salud las enfermedades infecciosas son una preocupación inmediata, debido a que actualmente existen patógenos que se han adaptado al medio ambiente y a las características del hospedero con la finalidad de sobrevivir, estos patógenos han evolucionado sus mecanismos de patogenicidad como por ejemplo los sistemas de secreción tipo IV, islas de de patogenecidad, toxinas o actividades enzimáticas que causan un efecto citotóxico y en el peor de los escenarios pueden de generar a cáncer, todo esto con el objetivo de que el patógeno colonice, persista y se diseminé sin control. Aunado a esto la taza de mutación espontanea o adaptativa del patógeno favorece la resistencia hacia las antibioterapias actuales, dificultando el control y la erradicación del patógeno, por otra parte las características propias del microorganismo sobre todo de aquellos que pertenecen al grupo de patógenos de difícil crecimiento lo que aumenta el grado de dificultad para su diagnostico y seguimiento. Un ejemplo claro de lo anteriormente descrito es Helicobacter pylon, un patógeno que en la actualidad infecta al 50% de la población mundial y que recientemente a sido reconocido como el agente causal del cáncer de estomago; H. pylori tiene una gran capacidad de colonizar y persistir en el medio ambiente hostil del estomago, gracias a una gran bacteria de factores de virulencia, y aun más importante que experimenta un fenómeno de recambio de su genoma favoreciendo así una pronta adaptabilidad a las condiciones de su microambiente.

Objetivo general

Realizar un estudio genómico comparativo de aislados clínicos de H. pylori para la identificación de variantes génicas asociadas a diferentes desordenes gastrointestinales.

Objetivos específicos

  1. Aislar e identificar molecularmente cepas de HP de pacientes con diferentes diagnósticos gastrointestinales.

  2. Obtener y secuenciar el genoma de 20 aislados clínicos de HP.

  3. Comparar las secuencias de los genomas obtenidos de los aislados clínicos de HP con la base de datos de otros genomas de HP disponibles.
  4. Establecer la relación filogenética de los diferentes aislados clínicos de HP en estudio.

  5. Identificar el genoma central y analizar los genes de patogenecidad de los diferentes genomas de HP en estudio.

Metas propuestas

  1. Muestreo y recolección de biopsias en las diferentes unidades clínicas del a ciudad de Durango.

  2. Aplicación de instrumentos previamente diseñados para recolectar información socio demográfica y manifestaciones clínicas desorden gástrico.

  3. Procesamiento de las biopsias y obtención de cultivos puros de HP.

  4. obtener el genoma de 20 cepas de HP, valorando su concentración, pureza e integridad de los genomas.

  5. Procesar los 20 genomas de los diferentes aislados clínicos de HP para su secuencia.

  6. Obtener las secuencias de calidad de los 20 genomas de HP en estudio.

  7. Realizar los alineamientos y comparaciones de las secuencias obtenidas de cada una de las cepas de HP para esto se utilizaran diferentes herramientas aticas disponibles ya sea libres o paquetes de software comerciales.

  8. Realizar el análisis filogenético a través de los genes de RNAr identificados.

  9. Identificar, alinear y realizar los genes esenciales y de virulencia de las cepas de HP secuenciadas.
  10. Presentar los resultados del trabajo en un congreso especializado.

  11. Difundir los resultados en la jornada estatal de la salud.

  12. Integración del conjunto de resultados, análisis de los mismos y elaboración de un manuscrito para enviar a su evaluación en una revista indizada del área de estudio.

  13. Elaboración del reporte técnico final.

Fuente de la información

Dirección de Posgrado e Investigación

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